Московское общество урологов основано 4 апреля 1923 г. по инициативе Петра Федоровича Богданова. Первое заседание общества состоялось в Москве 20 апреля 1923 года, где Петр Федорович был избран его первым председателем. Несмотря на физические страдания, вызванные метастатическим поражением позвоночника на фоне рака почки, он не сдавался — почти ежедневно посещал клинику, проводил консультации пациентов, руководил научными заседаниями МОУ и до последнего дня своей жизни работал сам и руководил работой своих ближайших учеников.

С 1924 г. по 1947 гг. МОУ возглавлял заведующий кафедрой урологии медицинского факультета 1-го МГУ (с 1930 года — 1-й ММИ), директор урологической клиники 1-го Московского медицинского института, академик АМН СССР Рихард Михайлович Фронштейн. Под его руководством и с непосредственным участием было проведено более 400 заседаний Московского общества урологов, созвано 3 Российских съезда урологов, 2 Всесоюзные конференции и 4 расширенных пленума правления. Он был председателем оргбюро по созыву I съезда российских урологов (31 мая 1926 года), председателем II съезда российских урологов (29 мая 1927 года), Всероссийской (16-18 июня 1934 года) и Всесоюзной конференций (26-30 января 1937 года) урологов.
С 1947 г. и до конца жизни председателем Всесоюзного и Московского обществ урологов был А. П. Фрумкин. На заседаниях общества он лично выступил с 36 докладами и 27 демонстрациями, под его руководством заседания общества превратились в школу для урологов. В 1961 году провёл 4-ю Всесоюзную конференцию урологов.
Несколько лет Московским обществом урологов руководил Лев Исаакович Дунаевский.

В 1972 г. Всероссийское и Московское общества урологов возглавил Юрий Антонович Пытель. Под его руководством и при непосредственном участии сотрудников клиники организовано 11 пленумов и 4 съезда урологов России. Проводя их в различных городах России, Ю.А. Пытель преследовал идею развития и поднятия престижа урологии в регионах России. Юрия Антоновича по праву можно считать основоположником современной отечественной урологии и нефрологии. Крупнейший клиницист, хирург широкого профиля, всемирно известный ученый - он внес неоценимый вклад в развитие МОУ и советской медицины. Им выполнены основополагающие научные исследования по всем разделам урологии и нефрологии.
Длительное время Московским обществом урологов руководили известные урологи страны профессора В.Д. Рябинский, В.Н. Степанов, А.Г. Пугачев.
В 90-е годы МОУ возглавлял руководитель урологической клиники Центрального Ордена Ленина Института усовершенствования врачей, член-корр. РАН профессор В.Н. Степанов. Валерий Николаевич был одним из крупнейших урологов своего времени, известный и уважаемый во всем мире. В.Н. Степанов неоднократно и достойно представлял отечественную урологию на всемирных и европейских конгрессах, конференциях и симпозиумах, участвовал в дискуссиях.

В 2012 году председателем Российского и Московского обществ урологов стал руководитель клиники и кафедры урологии Первого МГМУ им. И.М. Сеченова, член-корреспондент РАН, профессор Юрий Геннадиевич Аляев.
С 2014 по 2024 г. общество возглавляла заведующая отделом инфекционно-воспалительных заболеваний и клинической фармакологии НИИ урологии и интервенционной радиологии им. Н.А. Лопаткина - филиала ФГБУ «НМИРЦ» Минздрава России, д.м.н., профессор Т.С. Перепанова.

3 мая 2024 г. на очередном заседании, по предложению председателя Российского общества урологов академика Петра Глыбочко, новым председателем Московского общества урологов избран заместитель директора НИИ урологии и репродуктивного здоровья человека Сеченовского университета, профессор Евгений Валерьевич Шпоть. В последующие месяцы МОУ претерпело реорганизацию. Началась активная научно-исследовательская работа, инициирование и организация деятельности в области дополнительного образования и дополнительного профессионального образования, пересмотрен устав и структура общества. Заместителем председателя Московского общества урологов избран проф. Борис Яковлевич Алексеев, исполнительным директором Московского общества урологов назначен Артём Юрьевич Вотяков.
За всю историю общества было проведено более 1161 заседаний. В настоящее время основной базой Московского общества урологов выступает Сеченовский университет.